Una de les problemàtiques detectades a l’entorn immediat de l’Estany, en els últims anys, és la presencia elevada de porcs senglars que han provocat danys sobre els conreus, marges de camins i en són un risc clar per als vehicles que circulen per carreteres properes.

Des de l’any 2008 el Consorci de l’Estany col·labora i impulsa actuacions per intentar regular la presència del senglar a l’entorn immediat de l’Estany. El control de les poblacions de senglar forma part dels estatuts del Consorci i les accions es fan en col·laboració amb els Agents Rurals.

La llúdriga és una espècie ben repartida per tot Europa fins a mitjans del segle XX. Durant els anys 50, 60 i 70 va patir una fortíssima davallada, degut sobretot a la contaminació de les aigües continentals i a la destrucció dels seus hàbitats, els rius, llacs, llacunes i aiguamolls. La llúdriga és un excel·lent bio-indicador de la qualitat ambiental de l’hàbitat natural on es troba.

La recuperació d’hàbitats i la conservació de l’entorn han permès confirmar l’arribada de la llúdriga a la conca lacustre de l’Estany de Banyoles. L’any 2006 es van detectar els primers rastres que confirmaven el retorn de la llúdriga, que és el mamífer vertebrat més emblemàtic de les zones humides i portava cap a cinquanta anys desaparegut de l’Estany.

Gràcies al treball de voluntariat de l’Associació de Defensa del Patrimoni Natural del Pla de l’Estany Limnos s’estan realitzant censos anuals que certifiquen que hi ha una població estable de llúdrigues a l’Estany.

Els microcargols Vertigo moulinsiana i Vertigo angustior són molt escassos a la Península Ibèrica, on es considera que estan en perill crític. L’Espai Natural de l’Estany de Banyoles acull en el seu conjunt els millors nuclis poblacionals coneguts d’aquestes espècies. Els microcargols constitueixen un dels valors de la biodiversitat de l’Espai Natural, tenen una mida d’entre 1 i 2 milímetres i viuen en els mansegars, jonqueres i boscos de ribera inundables de l’entorn de l’Estany.

Els odonats són un grup d’invertebrats voladors que passen una part del seu cicle de vida en forma de larves aquàtiques. Són insectes depredadors, que s’alimenten d’altres insectes, i necessiten zones d’aigües corrents, tranquil·les, de poca profunditat, principalment sense la presència de peixos, per a reproduir-se i s’alimenten en espais oberts, com, per exemple, els prats de dall.

Un dels problemes amb què es troben les tortugues aquàtiques autòctones per poder sobreviure és la competència amb les tortugues exòtiques invasores. El constant alliberament de tortugues d’orelles vermelles o de Florida ha portat al límit de la desaparició les petites poblacions persistents de tortugues autòctones.

Les actuacions de restauració d’hàbitats i de creació de noves llacunes a l’entorn de l’Estany no han estat suficients per afavorir la seva recuperació natural.

A Catalunya només es coneixen dues espècies de tortugues aquàtiques autòctones, la tortuga de rierol (Mauremys leprosa) i la tortuga d’estany (Emys orbicularis). L’any 2008 es va trobar un exemplar de tortuga d’estany i aquest va ser l’argument per incorporar aquesta espècie com a espècie capdavantera per iniciar el projecte LIFE08 NAT/E/000078

No es té constància de la presència de tortugues terrestres a l’Espai Natural.

A l’Estany de Banyoles i als estanyols del seu entorn, a les rieres de Can Morgat o als recs de sortida (desguàs) de l’aigua de l’Estany, històricament hi havia cinc espècies autòctones de peixos: l’anguila (Anguilla anguilla), la bagra (Squalius laietanus), el barb de muntanya (Barbus meridionalis), la bavosa de riu (Salaria fluviatilis) i l’espinós (Gasterosteus gymnurus).

A partir de l’any 1910, amb la reintroducció de peixos exòtics a l’Estany, es va iniciar un procés progressiu de substitució d’aquestes espècies autòctones, fins i tot provocant l’extinció de l’espinós. La única espècie que ha mantingut poblacions relativament estables és la bavosa de riu.

Una de les altres problemàtiques que han sofert els peixos ha estat la pèrdua de la connectivitat fluvial entre la massa d’aigua de l’Estany i la resta de la conca hidrològica del riu Ter, afectant clarament les poblacions d’anguila.

El barb, la bagra i la bavosa de riu són d’elevat interès per a la conservació perquè estan directament relacionats amb el cicle reproductiu de les nàiades. El barb, la bagra i la bavosa de riu.

La cigonya blanca (Ciconia ciconia) es troba als aiguamolls i prats prop de l’aigua, on captura els invertebrats, peixos, amfibis i rèptils de què s’alimenta. És una espècie migratòria, que passa l’hivern a l’Àfrica subsahariana i torna a Europa a partir del febrer per fer el niu cada any al mateix lloc, normalment a torres i campanar. En els darrers anys, cada vegada és més sedentària perquè troba menjar durant tot l’any als abocadors d’escombraries.

El gavià argentat (Larus michahellis) és un au essencialment marina. No obstant, a partir dels anys 70 i 80 la seva presència a Banyoles i al Pla de l’Estany, així com en altres zones d’interior de tot el territori català, va començar a ser habitual. Aquest fet s’atribueix a una proliferació dels abocadors i al caràcter oportunista del gavià argentat, que va trobar en aquests llocs una gran font d’aliment. Aquest creixement ha generat un conjunt de problemàtiques i amenaces ecològiques, econòmiques i sanitàries, motiu pel qual, durant les darreres dècades, s’han aplicat diverses mesures de control, tant de gran abast com locals, que han tingut més o menys èxit, però que fins al moment no han aconseguit solucionar el problema.

A Banyoles, la problemàtica és causada per la presència massificada de gavians a l’Estany, principalment durant l’època de bany, en què representa una potencial amenaça per a la salut humana perquè el gavià s’alimenta en abocadors i podria actuar com a reservori i propagador d’organismes zoonòtics (patologies que es transmeten dels animals a l’espècie humana).

Un bon mosaic d’hàbitats amb espais forestals oberts, zones humides (llacunes i l’Estany) i vegetació d’ambients humits permet que hi habitin nombroses espècies d’aus que usen de diferent manera aquestes àrees. La singularitat d’aquest territori és la presència d’un punt d’atracció per als ocells com són les masses d’aigua.

Les zones humides continentals permeten la presència d’aus aquàtiques tant a l’època de nidificació com a l’època hivernant. Espècies emblemàtiques vinculades a aquestes zones humides fàcilment observables a l’Estany i el seu entorn són el blauet, el bernat pescaire, l’esplugabous, el martinet ros, l’ànec collverd, la polla d’aigua, la fotja d’aigua, el gavià argentat o la gavina riallera, entre altres. A l’entorn immediat, en boscos de ribera i espais verds, també es poden observar exemplars d’espècies com el pit roig, el puput, el gaig, el picot verd, la merla o l’oriol.

El Consorci de l’Estany ha desenvolupat projectes de recuperació i seguiment per espècies d’interès.