La principal problemàtica de la pèrdua de biodiversitat a l’Estany i al seu entorn immediat és la presència d’espècies exòtiques amb caràcter invasor tant de flora com de fauna. És un repte difícil de resoldre que ha provocat modificacions en l’espai natural, tant en hàbitats com en espècies, sobretot en les comunitats de peixos, on hi ha espècies que ja han desaparegut, com és el cas de l’espinós.