La flora de l’Espai Natural de l’Estany està clarament vinculada a ecosistemes d’aigües continentals i mediterranis. La singularitat de la massa d’aigua de l’Estany de Banyoles i el seu entorn immediat fa que es desenvolupin un conjunt d’hàbitats, tant a sota l’aigua com en zones inundades i boscos humits, que permeten el desenvolupament d’espècies singulars o de distribució limitada que caracteritzen l’espai i li aporten una diversitat molt rica de flora.

A l’Espai Natural, vinculat a l’aigua, s’hi troben una sèrie d’hàbitats singulars que permeten el creixement d’espècies rares o amenaçades que configuren espais gairebé únics a Catalunya, per exemple, formacions de grans Carex (Carex elata, Carexa riparia, Carexa hispida, Carex pseudosyperus, etc), plantes aquàtiques, com la mansega o els nenúfars; i formacions de macroalgues (dominades per la Chara hispida).